Фонд Марджани ведет активную работу в издательском направлении. Фонд организует и поддерживает научные исследования в различных областях гуманитарного знания.
В сфере интересов Фонда - история Ближнего Востока и Центральной Евразии, культура и искусство ислама, социально-политическое развитие всего мусульманского мира. В научную программу Фонда включены исследования, переводы и издания фундаментальных трудов мусульманской религиозной и политической мысли настоящего и прошлого на арабском, персидском, тюркских, кавказских и других языках; важнейших архивных документов и памятников материальной культуры мусульманских сообществ России, бывшего Советского Союза, Ближнего и Среднего Востока, Европы.