Родился в Южной Калифорнии в семье учительницы и бывшего литературного агента. Позднее семья переехала в Пэрадайз Велли, штат Монтана, после чего родители оставили работу и занялись обучением в домашних условиях детей — Кристофера и Анджелы. Никогда не учился в школе, образование получил дома. Рассказывал, что ничего не знает из математики, но прочитал три тысячи книг и наизусть знает весь цикл «Кольцо Нибелунгов». Любит смотреть фильмы из семейной кинотеки. На ночь читает произведения ирландского поэта Шеймуса Хини (Нобелевский лауреат 1995). В возрасте пятнадцати лет написал роман «Эрагон» в стиле фэнтези — о мальчике Эрагоне и драконе Сапфире, противостоящих в союзе с эльфами, гномами и людьми-повстанцами (варденами) империи, возглавляемой королём Гальбаториксом. Роман был издан на средства родителей Кристофера и приобрёл значительную популярность в школах Монтаны. На него обратил внимание писатель Карл Хиасен, проводивший свой отпуск в этом штате и в 2003 году роман был опубликован. Кристофер ПаолиниТолько за одну неделю было распродано 250 тыс. экземпляров книги, которая провела 87 недель подряд в списке бестселлеров The New York Times, и 21 месяц в списке бестселлеров Publisher’s Weekly Young Adult Fiction, из них 9 месяцев на первом месте. Роман был опубликован в общей сложности в 37 странах в количестве, превышающем два миллиона экземпляров. «Эрагон» стал первым романом цикла «Наследие». В серию входят книги «Эрагон», «Эрагон. Возвращение» и «Brisingr». Цикл «Наследие» первоначально задумывался, как трилогия, но после 9 лет со времени написания первой книги, автор планирует написать четвертую книгу, вот как он это объясняет: «9 лет назад я запланировал трилогию «Наследие». Мне тогда было 15 лет. И, честно сказать, я тогда не мог себе представить, что я не только допишу когда-нибудь 3 книги до конца, но и они будут опубликованны. Но чем дальше я писал, тем мне становилось понятнее, что я не смогу уложиться в трилогию. Поэтому будет еще одна четвертая книга цикла». Критики считают, что на молодого автора оказала влияние знаменитая трилогия Джона Толкина «Властелин колец», а также другие известные книги в стиле фэнтези. Некоторые рецензенты находят в «Эрагоне» аллюзии и со «Звёздными войнами» Джорджа Лукаса. В декабре 2006 состоялась премьера фильма «Эрагон» (с участием Джона Малковича и Джереми Айронса) — по первой книге цикла.